La Organización Internacional de las Comisiones de Valores (IOSCO) emitió un informe en el que se afirmaba que algunos «iniciados» sabían que se iban a producir los atentados. Éstos ganaron cientos de millones de dólares especulando en bolsa contra las empresas y multinacionales que se vieron perjudicadas por los atentados. IOSCO estableció que la mayor parte de las transacciones pasaron por el Deutsche Bank y su sucursal americana de inversiones, la empresa Alex Brown, mediante un procedimiento que asegura el anonimato de los responsables de las transacciones. La compañía Alex Brown estuvo dirigida hasta 1998 por A. B. Krongard, quien en el momento de los atentados era número tres de la CIA. Alex Brown mantiene vinculaciones comerciales con Carlyle Group, cuyos dirigentes son: Frank Carlucci, antiguo secretario de Defensa estadounidense e íntimo amigo de Donald Rumsfeld; el ex-presidente George Bush padre; el ex-primer ministro británico John Major; el ex-secretario de Estado James Baker y Fred Malek, director de la primera campaña electoral de Bush hijo, cuyos fondos aportó en parte el grupo Carlyle. Además, Carlyle controla buena parte de los activos financieros de la familia Bin Laden (los Bush y los Bin Laden llevan décadas haciendo negocios juntos, sobre todo en el sector petrolero). Carlyle también posee la mayoría de las acciones de United Defense, empresa armamentística que tras el 11-S ha recibido miles de millones de dólares de la administración Bush para desarrollar nuevas armas.

• Algunas de las personas culpadas en un primer momento de los atentados no tuvieron nada que ver con estos hechos.
• Ninguno de los suicidas estaba preparado para hacer las complicadas maniobras aéreas necesarias para estrellar los aviones contra las Torres Gemelas y derrumbarlas, y en especial contra el Pentágono.
• En el Pentágono no se estrelló ningún avión, sino un misil, tal como muestran las imágenes de los daños y algunas filmaciones filtradas a la prensa del momento del impacto.
• Los servicios secretos americanos recibieron decenas de avisos de agencias extranjeras y de sus propios agentes de que se fraguaba un gran atentado con aviones contra importantes centros neurálgicos estadounidenses. La CIA afirmó después de los atentados que esto no era cierto, pero tras la cascada de revelaciones periodísticas tuvo que reconocer la veracidad de las informaciones. Además, varios agentes del FBI acusaron públicamente a sus superiores de prohibirles investigar a los suicidas semanas antes de los atentados.
• Los sobres de ántrax que durante varias semanas atemorizaron a la población estadounidense y cuya responsabilidad atribuyó el gobierno a Bin Laden y Sadam Hussein, finalmente se descubrió que procedían de laboratorios militares norteamericanos, según revelaron las autoridades policiales. Desde entonces no se han vuelto a repetir estos hechos y ningún culpable ha sido detenido.
• Que los suicidas se olvidaran un manual de vuelo junto a retratos de Bin Laden y un Corán en un coche cerca del aeropuerto o que se hallara «milagrosamente» el pasaporte del líder de los suicidas entre los escombros de las Torres Gemelas, apuntan a una operación de inteligencia.
• Las llamadas telefónicas que realizaron algunos pasajeros a sus familiares desde el «avión de los héroes» –que fue derribado por un caza de combate– eran una burda falsificación, según demostraron varios peritos.